Ωστόσο η ίδια παράδοση θέλει να υπήρχε στην ίδια τοποθεσία ένας, ακόμη παλαιότερος του 4ου αι., ναός, στον οποίο προσκύνησε η Αγία Ελένη, όταν βρέθηκε στην Πάρο, κατά τη διάρκεια του ταξιδιού της προς τους Αγίους Τόπους σε αναζήτηση του Τιμίου Σταυρού. Τότε ήταν, σύμφωνα με το θρύλο, που η Αγία Ελένη έκανε τάμα μπροστά στην εικόνα της Παναγίας, να χτίσει ένα μεγαλύτερο και λαμπρότερο ναό στη Χάρη της, αν κατάφερνε να βρει το Σταυρό του Μαρτυρίου.
Ωστόσο ο ναός-τάμα της Αγίας Ελένης καταστράφηκε κατά ένα πολύ μεγάλο μέρος του, πιθανότατα εξαιτίας πυρκαγιάς, και ανακατασκευάστηκε επί Ιουστινιανού, κατά τη διάρκεια του 6ου αι. Όσον αφορά την ονομασία του Ναού Εκατονταπυλιανή ή Καταπολιανή, που προέρχεται από τον όρο «καταπόλα» και σημαίνει «κατά την πόλη», πιθανότατα «δείχνοντας» το σημείο όπου βρισκόταν η αρχαία πόλη της Πάρου, μέχρι πρόσφατα που διαβάστηκαν νέες πηγές, οι γνώμες διίστανταν για το ποια από τις δύο ήταν γνήσια και παλιότερη. Τελικά απεδείχθη ότι και οι δύο είναι έγκυρες και σχεδόν σύγχρονες μεταξύ τους καθώς τις πρωτοσυναντάμε σε κείμενα και επιστολές του ύστερου 15ου αι. την πρώτη και των μέσων του 16ου αιώνα τη δεύτερη. Ωστόσο σήμερα η επίσημη ονομασία του Ναού είναι Εκατονταπυλιανή, η οποία με τη σειρά της συνδέετε με έναν όμορφο θρύλο:
"Ενενήντα εννέα φανερές πόρτες έχει η Καταπολιανή. Η 100η είναι κλειστή και δεν φαίνεται. Θα φανεί η πόρτα αυτή και θα ανοίξει, όταν οι Έλληνες πάρουν την Πόλη"… Ένας ακόμη θρύλος, τραγικός και αιματηρός αυτή τη φορά, συνδέεται με τη μεγάλη Μνημειακή Πύλη, που τοποθέτησε στη βόρεια πτέρυγα του Ιερού Προσκυνήματος, λίγα μέτρα πιο πέρα από το παρεκκλήσι της Αγίας Θεοδοσίας, ο καθηγητής Ορλάνδος, κατά τη διάρκεια της αναπαλαίωση της Εκατονταπυλιανής. Μέχρι τότε η μεγάλη αυτή μνημειακή πύλη βρισκόταν στην κεντρική πύλη του νάρθηκα του μεγάλου ναού. Τη λαϊκή φαντασία θέριεψαν οι δυο ανάγλυφες ανθρώπινες μορφές, που βρίσκονται στις κυβοειδής βάσεις, όπου στηρίζεται ένα μαρμάρινο πολυτελές διάκοσμο, αποτελούμενο από δύο κολώνες, πάνω στις οποίες στηρίζεται ένα αέτωμα με γείσο και ανθέμιο στην κορυφή.
Σύμφωνα με το λαϊκό θρύλο, την ιουστινιάνεια εκδοχή της Εκατονταπυλιανής έχτισε ο πρώην βοηθός του πρωτομάστορας της Αγιά Σοφιάς, ο Ιγνάτιος. Όταν ο μαθητής ολοκλήρωσε το έργο του κάλεσε το δάσκαλο του για να το θαυμάσει. Ωστόσο ο φθόνος τρύπωσε στην καρδιά του πρωτομάστορα μόλις αντίκρισε το αριστούργημα του Ιγνάτιου. Από φόβο μήπως ο πρώην μαθητής του τον ξεπεράσει σε δόξα, τον παρέσυρε στην οροφή με σκοπό τάχα μου να του υποδείξει ένα σοβαρό αρχιτεκτονικό του λάθος. Στη συνέχεια τον έσπρωξε με σκοπό να τον σκοτώσει.
Ωστόσο ο Ιγνάτιος, σε μια απέλπιδα προσπάθεια να σωθεί, κρατήθηκε από τα ρούχα του δασκάλου του, με αποτέλεσμα να πέσουν και οι δυο στο κενό και να σκοτωθούν μπροστά στο ναό. Υποτίθεται λοιπόν ότι οι δύο ανάγλυφες μορφές παρασταίνουν η μία τον πρωτομάστορα και η άλλη το μαθητή του. Στην πραγματικότητα οι δυο μορφές δεν έχουν την παραμικρή σχέση ούτε με την Αγιά Σοφιά ούτε με την Εκατονταπυλιανή, καθώς είναι πολύ παλιότερες. Πρόκειται για δύο σατύρους, που αποσπάστηκαν από κάποιο αρχαίο ιερό του Διονύσου, όπως και τόσα άλλα αρχαιολογικής αξίας αρχαία μέλη.
Εξάλλου δεν πρέπει να ξεχνάμε ότι πρόκειται για έναν αρκετά διαδεδομένο θρύλο στην ελληνική επικράτεια, τον οποίο συναντάμε π.χ. με κάποιες μικρές παραλλαγές στην Παναγία την Παρηγορίτισσα της Άρτας, ενώ εξίσου διαδεδομένη ήταν η λαϊκή δοξασία, ότι για να στερεώσει ένα μεγάλο κτίσμα έπρεπε να ποτιστεί με αίμα, και κυρίως να θυσιαστεί άνθρωπος στα θεμέλια του. Ένα έθιμο το οποίο παραμένει ενεργό μέχρι τις μέρες μας, καθώς δε νοείται να χτιστεί ένα καινούργιο σπίτι χωρίς να σφαχτεί κοκόρι στα θεμέλια του.