Όμως, αντι να έρθει η ειρήνη και η ηρεμία, η ανέγερση της Ορθόδοξης Εκκλησίας έχει σπείρει διχόνοια ανάμεσα στους κατοίκους, οι οποίοι ακόμα έχουν νώπες τις πληγές του πολέμου της Βοσνίας 1992 - 1995. Για τον τοπικό Σερβοβόσνιο πληθυσμό, η εκκλησία, που χτίζεται μόλις μερικά εκατοντάδες μέτρα από το μνημείο της γενοκτονίας, είναι μια αναγκαιότητα. Για τις οικογένειες όμως των θυμάτων και τη διεθνή κοινότητα ο νέος ναός είναι μια πρόκληση. Σύμφωνα με τον εκπρόσωπο των μουσουλμάνων της περιοχής, ο οποίος έχασε την γυναίκα του στη σφαγή της Σρεμπρένιτσα, η ανέγερση της Εκκλησίας ως γεγονός δεν ενοχλεί. "Δεν μας ενοχλεί η ανέγερση του ναού, μας ενοχλεί για το σημείο που πρόκειται να χτιστεί. Εδώ δεν υπάρχει τίποτα, παρα μόνο το μνημείο της σφαγής των θυμάτων", ανέφερε ο εκπρόσωπος των μουσουλμάνων. Ενώ χαρακτηριστικά πρόσθεσε: "Το σημείο που χτίζουν την εκκλησία είναι πρόκληση για τους νεκρούς και τις οικογένειες των θυμάτων." Ο π. Αλέξανδρος που έχει την εποπτεία των εργασιών, ανέφερε σε δηλώσεις του ότι "οι εργάτες σταμάτησαν προσωρινά τις εργασίες για να αποφευχθεί η ένταση." "Η εκκλησία δεν χτίζεται για να προκαλέσει, αλλά γιατί το θέλουν οι κάτοικοι του χωριού Μπουτάκ. Ένας ντόπιος το 2010 πρόσφερε τη γη στην Εκκλησία, και οι ντόπιοι δίνουν τα λεφτά για τα οικοδομικά υλικά, αλλά και έργαζονται και οι ίδιοι", ανέφερε χαρακτηριστικά ο π. Αλέξανδρος. Η ανέγερση της Εκκλησίας έχει όμως ενοχλήσει και διεθνείς αξιωματούχους στη Βοσνία, οι οποίοι, μαζί με τους μουσουλμάνους, κάλεσαν την Σερβική Εκκλησία να σταματήσει τις εργασίες και να αναζητήσουν μια άλλη τοποθεσία. "Η τοποθεσία όπου χτίζεται ο ναός, δηλαδή κοντά στο Μνημείο της Γενοκτοντίας της Σρεμπρένιτσα είναι σχέδιο για να προκαλέσει και όχι για να εξυπηρετήσει τις ανάγκες των πιστών", αναφέρει η Πρεσβεία της Αμερικής στο Σεράγεβο. Τέλος για το θέμα μίλησε και ο δήμαρχος της Σρεμπρένιτσα, τονίζοντας ότι "το μνημείο είναι ένας ιερός τόπος για τους μουσουλμάνους και δεν πρέπει να χτιστεί κοντά εκεί η εκκλησία." Η σφαγή στη Σρεμπρένιτσα ήταν ένα έγκλημα πολέμου που διεπράχθη κατά τη διάρκεια του πολέμου της Βοσνίας. Το 1995, Σέρβοι από τη Βοσνία σκότωσαν 8.000 Βόσνιους μουσουλμάνους άνδρες και αγόρια στη Σρεμπρένιτσα. Τέλος δύο διεθνή Δικαστήρια έχουν αποφανθεί ότι η σφαγή της Σρεμπρένιτσα, είναι η χειρότερη θηριωδία στην Ευρώπη μετά το Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο"